Sau khi trật tự phép thuật được tái thiết lập phần nào, vương quốc Eternia tiếp tục phải đối mặt với một hiểm họa vĩ đại và tàn độc hơn gấp bội từ thế lực hắc ám cũ, đẩy các nhân vật vào một cuộc chiến một mất một còn để bảo vệ sự sống còn của hành tinh.